申辦臺南市市民卡可選擇至各區公所臨櫃現場辦卡或網路申辦市民卡(一般卡)。線上申辦只要在市民卡網站頁面上方點選「線上申請辦卡」頁籤，進入「臺南市市民卡線上申辦系統」，即可申請辦卡，民眾如不便親自前往公所辦卡，選擇線上申辦方式是快速又便捷的方式。

市長黃偉哲表示，以往線上申辦繳費完成相關申請程序(網路申請功能需驗證身份)後，僅可選擇列印繳費單再至超商繳費，對民眾而言仍顯不便。現辦卡系統已將信用卡及LINEPAY等多元支付納入辦卡繳費管道，讓民眾有更多元的選擇。

民政局長姜淋煌表示，自111年10月納入多元支付繳費管道以來，民眾選擇信用卡及LINE PAY繳費比例達47％，顯見申辦民眾對臺南市市民卡線上申辦、線上繳費的接受與肯定。春節期間為提供便民服務，市民卡線上申辦並沒有打烊，歡迎有辦卡需求民眾使用。